Trùng tia và Cercozoa nằm trong một liên nhóm gọi là Rhizaria.

Về cơ bản, trùng tia được chia thành 4 nhóm: Acantharia, Nassellaria, Phaeodaria và Polycystina - theo hình thái học.

Lớp chính của trùng tia là Polycystine, các loài có tạo ra khung xương silica. Nhóm này bao gồm phần lớn các hóa thạch. Chúng cũng bao gồm Acantharea, là nhóm tạo ra các khung xương stronti sulfat. Mặc dù một số đề xuất ban đầu có trái ngược nhau, nhưng các nghiên cứu về gen đã xếp 2 nhóm này gần nhau. Chúng cũng bao gồm chi riêng biệt Sticholonche, các loài này không có khung xương trong và thường được xem là heliozoa.

Ngoài ra, trùng tia cũng bao gồm Phaeodarea, nhóm tạo ra khung xương silica nhưng khác với polycystine ở một số khía cạnh khác. Tuy nhiên, theo cây phân tử, chúng chia nhánh với Cercozoa, một nhóm bao gồm các sinh vật nguyên sinh trùng roi và amip khác nhau. Các loài trùng tia khác nằn gần nhưng ở ngoài Cercozoa, vì thế sự tương đồng có thể do chúng một phần có cùng tổ tiên và một phần là tiến hóa hội tụ.

Nhóm heliozoa Taxopodida theo nghiên cứu gen thì nằm trong nhóm này.

Các nghiên cứu phân tử thể hiện rằng Radiolaria được chia thành 2 dòng chính: Polycystina (Spumellaria + Nassellaria) và Spasmaria (Acantharia + Taxopodida).[1] Chúng cũng có mối quan hệ gần gũi với các nhóm trùng lỗ theo giả thiết Retaria.